רק בעקבות לחץ ציבורי כבד, הוקמה בשנת 1994 ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת פרשת היעלמותם של ילדים מעולי תימן. שבע שנים לאחר הקמתה, הגישה הוועדה מסקנותיה, ועדיין לא ניתן לראות בהן קץ לפרשה העגומה

עשרות שנים דחו ממשלות ישראל את הדרישה לחקור את פרשת ילדי תימן ומזרח הנעדרים בערכאה הגבוהה ביותר – ועדת חקירה ממלכתית. תחת זאת הוקמו שתי ועדות חקירה חסרות שיניים: ועדת בהלול-מינקובסקי (1976-1967) וועדת שלגי (1994-1988). ועדות אלה, שבפניהן הוצגו כ-630 מקרי היעדרות, קבעו שרוב הילדים נפטרו, וכי שיעור הנעדרים עומד על כמה עשרות 'בלבד'.
אולם, מסקנות אלה לא הניחו את דעתם של רבים מבני המשפחות ואחרים, שטענו כי הילדים נחטפו בדפוסים דומים מעשרות מוסדות רפואה וסעד, במסגרת קנוניה של כלל זרועות השלטון, החל במטפלות, אחיות ורופאים, שמסרו למשפחות בעל פה שהילדים נפטרו, דרך רופאים, אנשי חברה קדישא ופקידי משרד הפנים, שניפקו תעודות פטירה, קבורה ורישום כוזבות, וכלה בעובדות סוציאליות ושופטים, שטיפלו בהעברת/מכירת הילדים לאימוץ.
רק בעקבות הלחץ הציבורי שהתעורר במהלך אירועי יהוד ולאחריהם, באביב-קיץ 1994, נאלץ לבסוף הממסד להקים ועדת חקירה ממלכתית. לראשות הוועדה מונה השופט יהודה כהן, שהוחלף בהמשך בשופט יעקב קדמי. בנובמבר 2001, הגישה הועדה דו"ח מסכם, אולם קשה מאוד לראות בדו"ח קץ לפרשה עגומה זאת!
לפי דו”ח ועדת החקירה הממלכתית הוצגו בפניה 765 תלונות, מהן 406 'חדשותי, שלא הוצגו בפני שתי הוועדות הקודמות. גם ועדה זאת, כקודמותיה, טענה שרוב הילדים, 718 במספר, נפטרו, וכי רק כמה עשרות נותרו בחזקת נעדרים. גם הפעם טענה הוועדה, שקביעת הפטירה  התבססה על ניירת מהעבר. אולם, כפי שבעבר לא האמינו לניירת הרשמית של מוסדות המדינה, בה ראו מכשיר הונאה נוסף בקנוניה הממסדית נגדם, כך גם היום אין בכוחה של ניירת לשכנעם! המשפחות דורשות הוכחה חותכת ומובהקת. לטענתן, הוכחה כזו תימצא רק בפתיחת תיקי אימוץ, בדיקות רקמות ופתיחת קברים. לאחר שמיעת שורה ארוכה של עדויות מצד אנשי מערך הקליטה באותם הימים נאלצה הוועדה להודות במסקנה חשובה אחת: בשעה ששתי הוועדות הקודמות השתמשו בתירוץ הבלגן וחוסר הרישום הנאות כגורם מרכזי בהיעלמות הילדים, קבעה הװעדה הנוכחית כי באופן כללי הילדים הועברו ממחנות העולים לבתי החולים "כשהם מזוהים בשמם המלא ולרוב גם תוך ציון המקום שממנו נשלחו, כאשר קבלת תינוק לאשפוז ללא שם היתה נדירה ביותר" (עמ' 178 בדו"ח הועדה).
הטיעון השני בו השתמש הממסד עד היום, לצד הסבר ה'בלגן', היה שיעור התמותה הגדול עקב המצב הרפואי הקשה שבו הגיעו לארץ ילדי העולים מתימן. בדומה לקודמותיה אימצה הוועדה טיעון זה. אולם, בפועל, הטיעון אינו יכול עוד לעמוד במבחן מאות העדויות שהוצגו בפניה. לא זו בלבד שרוב משפחות הנעדרים מעידות שילדיהם היו בריאים ושלמים קודם שנעלמו, אלא שאף לא מעט מקרב העדים ממערך הקליטה, ובעיקר הצוות הרפואי הזוטר שטיפל בילדים בבתי התינוקות, מאשרים שאכן הילדים היו בריאים. יצוין, כי בתי התינוקות היו תחנות המוצא בהיעלמותם של עשרות אחוזים מהילדים, ועל כן גם הטיעון בדבר תחלואה גדולה כהסבר לפרשה מתערער.

סך הכל הוצגו בפני שלוש הוועדות גם יחד 1,033 תלונות. אלא שמספר זה עדיין רחוק ממיצוי היקף הפרשה: ב-1998 פרסמו אנשים שעסקו בחקר הפרשה רשימה שמית של 1,500 מקרים, שבחלקם חופפים למקרים שהוצגו בוועדות, וכן מאות מקרים נוספים. סביר להניח שגם מספר זה עדיין אינו סוף פסוק. הרי כי כן, התעלומה אינה מוגבלת רק לעניין גורל הילדים, אלא גם להיקפה של פרשה קשה זו, המעלה סימני שאלה נוקבים על תפקודה של המדינה כלפי 'האזרח הקטן' מאז ראשית ימיה עד ימינו אלה.